Berdirinya Federasi Malaysia

Sriwijaya dan Majapahit sejak abad ke-13 sampai ke-15 menguasai Malaya, Serawak dan Sabah. Pada tahun 1511, Portugis mulai menduduki Malaka. Inggris mendirikan British East India Company di Penang pada tahun 1592. Pada tahun 1867, Inggris menetapkan Penang, Malaka dan Singapura sebagai koloninya. Tahun 1888, Sabah Serawak dan Brunei menjadi protektorat Inggris.

Dalam Perang Dunia II, Jepang menyerang Malaysia dan mengusir Inggris. Setelah Jepang menyerah pada Sekutu, Inggris membentuk Persekutuan Tanah Melayu yang meliputi Penang dan Malaka dengan sembilan negara bagian, sedangkan Singapura, Sabah dan Serawak menjadi koloni Inggris.

Pada tahun 1948, Persekutuan Tanah Melayu menjadi negara federasi, tetapi kemudian pecah pemberontakan komunis yang dipelopori orang-orang Cina. Keadaan darurat diumumkan pemerintah. Tanggal 31 Agustus 1957,Federasi Malaka mendapatkan kemerdekaan dari Inggris dengan status anggota persemakmuran. Tengku Abdul Rachman menjadi Perdana Menteri pertama. (Bambang Haribowo, ENI Jilid 10, 2004 : 77-78).

Selama tahun 1961, Malaka Singapura dan Inggris mengupayakan suatu penyelesaian terhadap beberapa masalah bersama: keinginan Singapura untuk merdeka, kecemasan Malaysia terhadap jumlah minoritas Cina yang besar dan implikasi rasial seandainya Malaka digabung dengan Singapura, serta keinginan Inggris untuk menetapkan masa depan  wilayah-wilayahnya di Kalimantan (Sabah, Brunai dan Sarawak). (Ricklefs, 2005 : 537).

Kantor Urusan Kolonial Inggris berpandangan bahwa memasukkan wilayah Sarawak, Sabah dan Brunai akan menghasilkan sebuah negara baru dengan jumlah penduduk 10,5 juta jiwa, yang terdiri dari 48% orang Melayu, 36% keturunan Cina, 9% keturunan India dan Pakistan, dan 7% warga asli. 

Malaka dan Singapura menyambut baik usulan Inggris tersebut. Pemerintah Inggris kemudian membentuk Komisi Cobbold, dengan tugas pokok mencari tahu apakah masyarakat yang tinggal di Kalimantan Utara juga menerima usulan tersebut. 

Dari tanggal 19 Februari sampai 17 April 1962 Komisi Cobbold mengadakan dengar pendapat. Dua pertiga masyarakat menyatakan menyetujui penggabungan. 

Pada tanggal 27 Mei 1961 Perdana Menteri Malaka Tengku Abdul Rachman secara publik mengumumkan penggabungan Malaka dengan Singapura dan tiga koloni Inggris di Kalimantan Utara yang kemudian disebut Federasi Malaysia dengan tanggal pendiriannya 31 Agustus 1963. (Wardaya, 2008 : 294).

Meski sebagian besar warga Kalimantan Utara secara etnis masih terkait dengan masyarakat yang tinggal di bagian pulau tersebut yang masuk wilayah Indonesia, pemerintah Indonesia tidak terdorong untuk menentang rencana tersebut. 

Ketika Lord Selkirk, Komisioner Jenderal Inggris untuk Asia Tenggara, berkunjung ke Jakarta pada Agustus 1961 untuk memberitahu pemerintah Indonesia mengenai rencana federasi tersebut, pemerintah Indonesia menyatakan persetujuannya. 

Namun demikian pada awal Desember 1962, Indonesia mengubah sikapnya. 

Pemberontakan 

Wilayah-wilayah Kalimantan tidak bersemangat atas usulan Malaysia itu. Oposisi paling kuat timbul di Brunai. 

Pada bulan Desember 1962, Syekh A.M. Azahari , pemimpin Partai Rakyat Brunai, melancarkan suatu pemberontakan, yang tidak berlangsung lama, menentang pembentukan federasi dan memilih sebuah negara merdeka Kalimantan Utara. Azahari telah berada di Indonesia pada waktu revolusi dan terus menjalin hubungan dengan Nasution kemudian dengan Badan Pusat Intelejen Indonesia yang dipimpin Subandrio. (Ricklefs, 2005 : 537).

Pemberontakan Desember 1962 itu melibatkan Malaysia Inggris dan Indonesia.

Bagi Indonesia pemberontakan yang pecah pada tanggal 8 Desember 1962 tersebut menunjukkan bahwa tidak semua masyarakat di koloni Inggris menerima usulan peleburan yang didukung Inggris.

Bung Karno awalnya menerima pembentukan Malaysia. Tetapi Revolusi Anti-Malaysia di Brunai  tidak memberinya pilihan lain selain membantu Brunai, apalagi banyak masyarakat Brunai yang telah membantu Indonesia selama masa perjuangan kemerdekaan, termasuk Azahari yang pernah menjadi Kapten dalam Angkatan Darat Indonesia. (Sukarno, An Autobiography as Told to Cindy Adams, Indianapolis: The Bobbs Merill Company, Inc,  1965 :300-301).

Negara Neokolonial 

Banyak pemimpin Indonesia menganggap bahwa Malaysia tidak benar-benar merdeka karena tidak terjadi revolusi di sana, dan merasa curiga dengan tetap hadirnya Inggris di sana, dan tersinggung karena Malaysia dan Singapura membantu PRRI.  Malaysia dianggap sebagai negara neokolonial karena adanya pangkalan-pangkalan Inggris di sana, dan membuka peluang komunitas Cina dari Singapura untuk mendominasi negara baru itu, dan dianggap akan meningkatkan pengaruh orang-orang Cina dan perkembangan komunisme di kawasan itu.